La Federación Colombiana de Natación nació como Asociación Colombiana de Natación y fue fundada en la ciudad de Santiago de Cali el 1 de agosto de 1939.
El Gobierno Nacional le reconoció la Personería Jurídica a la Asociación Colombiana de Natación mediante la Resolución No 036 del 9 de abril de 1940.
En la Asamblea General ordinaria de Ligas realizada en la ciudad de Santiago de Cali el día 23 de abril de 1971 se discutieron y aprobaron los primeros Estatutos. El 12 de mayo de 1971 se nombró el Comité Ejecutivo y, posteriormente, el 6 de septiembre de 1973, según la Resolución No. 3387 emitida por la Gobernación del Valle del Cauca, se transformada en la Federación Colombiana de Natación, siendo su primer Presidente el señor Hans Gordon Duque.
Desde 1983, la Federación cambio de sede por mandato de los delegados, quienes en reunión de Asamblea Ordinaria aprobaron que la entidad se trasladara a la ciudad de Medellín, siendo su presidente el Arquitecto Oscar Osorio Díaz quien ocuparía este cargo por el periodo 1983 – 1985.
A partir de este año se elige como presidente al Arquitecto Jaime Cárdenas Gutiérrez quién desempeño este honroso cargo hasta el 31 de octubre de 2005.
En noviembre de 2005 la Federación cambia nuevamente de sede por mandato de los delegados, quienes en reunión de Asamblea Ordinaria de Ligas afiliadas aprobaron que la entidad se trasladara a la ciudad de Cali. En esta misma Asamblea se eligió un nuevo Comité Ejecutivo, siendo su presidente el médico vallecaucano doctor, Edgar Iván Ortiz Lizcano, quien ocupó este cargo hasta el año 2017, al ser reelegido. En la actualidad, la presidencia de la Federación está en cabeza de Jorge Enrique Soto Roldán, quien liderará la organización durante el periodo 2017 – 2021.
Hoy la Federación está conforman por 24 Ligas afiliadas, de igual número de departamentos, las cuales registran ante esta entidad aproximadamente 3.850 deportistas en todas las modalidades que gobierna este organismo; Natación Carreras, Clavados, Clavados de Altura, Polo Acuático, Natación Artística, Aguas Abiertas y Natación Máster.